תומאס הובְּס אחז בגישה המכניסטית וטען שהנשמה אינה קיימת” אלא שייכת למציאות החומרית של האדם. בדומה לו” סבורים בימינו גם העוסקים במדעי המוח שמקשרים את תופעות המנטאליות לתופעות נוירונאליות – מה שמבטל כמובן את עקרון חופש הרצון” את הבחירה החופשית.
יש כאן כשל לוגי. כי מדעי המוח” ובמיוחד מדעי המוח ההכרתיים” מקבלים את ההנחה האונטולוגית של הפיסיקליזם. במילים פשוטות: רק התופעות הנחקרות על ידי הפיסיקה קיימות. לכן הם מסבירים את תופעות הרוח על פי תהליכים פיסיים במוח. מובן מאליו שבהנחה רדוקציונית זו” הנשמה אינה קיימת.
אך אנו אומרים: “לא ראיתי” אינו ראיה”” ומה שחומק מההכרה הפיסיקלית” אינו בהכרח לא קיים” כלומר אפשר שקיים.
לשם הבנת עניין הנשמה” יש להבחין בין נפש” רוח ונשמה. הנפש היא התכונה הפסיכו-פיסיו-ביולוגית של האדם” המשותפת במידה מסוימת לו ולבהמה” באשר שניהם נקראים נפש חיה. בנפש הזו עוסקות הפסיכולוגיה והפסיכואנליזה” לגווניהן השונים.
מעל הנפש נמצאת הרוח” שהיא הצד המוסרי-הערכי-הרוחני של האדם” שאינו קיים בבהמה” ויש לה זיקה עם הנפש” ומתוך כך עם הגוף” והם אמנם משפיעים עליה” אך אינם קובעים עבורה” מה ששומר על חופש הרצון.
ומעליהם הנשמה” שהיא ניצוץ א-לוהי” חלק אלוה ממעל” “ויפח באפיו נשמת חיים”. הנשמה היא א-לוהית” מוחלטת” נצחית” ואינה מושפעת משום גורם” “נשמה שנתת בי טהורה היא”.
באשר לשאלה” כיצד תיתכן אינטראקציה בין הנשמה שאינה פיסית עם העולם הפיסי הגופני של האדם” ובכן זוהי שאלה ישנה” וכבר הועלתה על ידי רנה דקארט וגם על ידי פילוסופים יוונים קדמונים” לאו דווקא ביחס לנשמה או לרוח אלא ביחס לנפש במובן הפסיכולוגי” ונקראת “בעיית גוף-נפש”” Body-Mind Problem. רבים עסקו בזה ולא מצאו פתרון מניח את הדעת” ולפי פרופ’ ליבוביץ” שקרא לה “הבעיה הפסיכופיזית” Psycho-Physical Problem” זו בעיה בלתי פתירה.
כבר הרמב”ן דן בזה” והיא נזכרת בשולחן ערוך לגבי ברכת אשר יצר. הרמ”א מפרש את הביטוי “ומפליא לעשות”: “מפליא לעשות במה ששומר רוח האדם בקרבו וקושר דבר רוחני בדבר גשמי” (שו”ע או”ח ו” א הגה. ועיין לנתיבות ישראל ב קיט).
על כל פנים” כיוון שמדעי המוח בנויים על ההנחה שרק הפיסיקלי קיים” ודאי לדידם קיים כשל לוגי שהנשמה אינה קיימת.